荒海井底机关的核心解法在于通过雷元素攻击调整方块朝向，使所有方块的紫色花瓣面统一朝向同一方向。该机关由五个可旋转的雷立方体组成，每个立方体转动时会联动相邻立方体同步旋转。初始状态下，玩家需观察各立方体的初始朝向，并按照特定顺序攻击对应方块。关键技巧在于优先调整对角线上的方块朝向一致，再处理剩余方块。若中途操作失误，可通过退出游戏重进重置机关初始状态。
具体操作分为两个阶段：第一阶段需将任意一组对角线上的两个方块调整为与固定方块相同朝向。例如攻击左上角方块两次，再攻击中间方块两次即可完成初步对齐。第二阶段需调整剩余方块的朝向，需注意每次攻击会同时影响相邻方块的状态。推荐采用12541542的击打顺序，即从右往左编号为1至5的方块，依次攻击第1、2、5、4、1、5、4、2号方块。该顺序经过多次验证能有效解决多数情况下的机关谜题。
机关解谜过程中需注意三个细节：首先必须携带雷元素角色，推荐使用弓箭类角色如菲谢尔进行远程精准攻击；其次要确保雷种子等级达到17级以通过后续的雷元素屏障；最后建议先完成神樱大祓系列任务获取道具留念镜，该道具可用于激活井底的隐藏机关。水位下降后会出现新的雷立方机关，只需攻击中间方块两次即可完成最终解谜。
完成机关解谜后将触发水位下降机制，可进入原本被水淹没的区域探索。该区域包含隐藏宝箱、雷神瞳及通往秘境千门虚舟的通道。若在解密过程中遇到困难，可参考游戏内环境提示：雷立方体旋转时会发出不同音效，正确操作时音调会逐渐升高形成和谐旋律。这种视听反馈机制能辅助玩家判断解谜进度。
该机关设计遵循稻妻地区雷元素共鸣的核心机制，五个雷立方体实际构成能量传导网络。理解这点后可知，解谜本质是重建完整的能量回路。后续在荒海地下还会遇到类似的旋转机关，均采用相同的原理设计，只是联动方式和旋转规律略有变化。掌握基础解法后，其他变体机关均可通过观察初始状态和测试单次旋转效果来推导解法。
